天然染色質免疫沉淀（ChIP）方案
用法說明
ChIP（染色質免疫沉淀）是一種用于研究蛋白與DNA在自然狀態下的相互作用的技術。它依賴于特定抗體與抗原的特異性反應，因此能夠真實地反映蛋白因子和基因組DNA在體內的結合情況。目標蛋白與DNA進行交聯，然后通過聲波破碎或酶切分解DNA成小片段。通過抗體和抗原之間的特異性反應，我們可以沉淀下預測的DNA片段。這個過程特異性地富集了與目標蛋白結合的DNA片段。最后，我們可以從復合物中純化DNA，并根據PCR或qPCR的協議驗證DNA。
溶液和試劑
反應緩沖液：1mM CaCl2，0.2% Triton X-100或NP-40，50mM Tris-HCl（pH 7.6）
RIPA緩沖液：0.1% SDS，0.1% NaDOC，1% Triton X-100，1mM EDTA，10mM Tris-HCl（pH 7.6）
LiCl緩沖液：0.25M LiCl，0.5% NP-40，0.5% NaDOC，10mM Tris-HCl（pH 7.6）
TE緩沖液：1mM EDTA，10mM Tris-HCl（pH 7.6）
樣品制備
交聯和裂解-轉錄因子和輔助因子
細胞在10厘米培養皿中以20毫升培養基進行培養。當細胞密度達到80%至90%時，可用于進行ChIP實驗。細胞數量的選擇取決于您研究的目標蛋白質。您可以參考以下表格：
| 蛋白質 | 細胞數（用于ChIP反應） | 蛋白靶豐度 |
|---|---|---|
| 組蛋白蛋白質RNA聚合酶II | 104 | 高 |
| 轉錄因子 | 105-106 | 中等 |
| 輔因子 | 107?或更多 | 低 |
為了確保更好的結果，我們建議使用超過4×106個細胞進行組蛋白和RNA聚合酶II的ChIP實驗，而轉錄因子或輔助因子則需要更多的細胞。
1. 取出培養皿并倒掉培養基。細胞數量約為2×107個。
2. 用冰冷的PBS洗滌細胞3次。
3. 添加1ml PBS，通過刮取的方式收集細胞。
4. 以2500轉/分鐘的速度，在4℃下離心3分鐘，收集細胞。
5. 通過向細胞中加入500μl反應緩沖液（加入新鮮的蛋白酶抑制劑）來重新懸浮細胞，將其在冰上裂解10分鐘。
6. 以2500轉/分鐘的速度，在4℃下離心3分鐘，收集細胞。
7. 通過添加1ml反應緩沖液和微量核酸酶，在37℃下反應20分鐘。酶解條件應參考微量核酸酶的說明書。處理時間和微量核酸酶的濃度應通過初步實驗進行優化。
8. 可以添加5mM EDTA來停止酶解反應。
9. 使用超聲波打斷DNA，完全破碎。進行6次5秒的超聲處理。
10. 以2500轉/分鐘的速度，在4℃下離心2分鐘。將上清液分離到一個新的管中。
11. 您可以取5μl上清液進行瓊脂糖凝膠分析，以驗證超聲處理的效果。
免疫沉淀反應
1. 將包含來自1×107細胞的DNA的500μl細胞裂解液取出放入一個管中。
2. 在免疫沉淀之前，您需要設計四組實驗：
- 實驗組：將2-5μg特異性抗體加入500μl細胞裂解液中，并將管子放置在4℃旋轉混合器中過夜，形成抗原-抗體復合物。
- 輸入對照組：除了免疫沉淀反應外，所有步驟與實驗組相同。
- 陰性對照組：除了使用正常兔子IgG代替抗體外，所有步驟與實驗組相同。
- 陽性對照組：除了使用組蛋白H3或RNA聚合酶II抗體代替抗體外，所有步驟與實驗組相同。
3. 將50μl磁珠加入復合溶液中，在4℃下孵育2-4小時。
4. 將磁珠吸附在磁力架上，去除上清液。
洗掉珠子
1. 使用過濾吸頭對磁珠進行洗滌:
- 2×1ml RIPA緩沖液
- 2×1ml RIPA緩沖液 + 0.3M NaCl
- 2×1ml LiCl緩沖液
- 2×1ml TE緩沖液 + 0.2% Triton X-100
- 1×1ml TE緩沖液。在旋轉混合器上混合1分鐘。
依次使用上述緩沖液兩次洗滌磁珠。每次用吸頭抽吸3-8次，并在旋轉混合器上旋轉10分鐘。
2. 通過磁力架去除洗滌緩沖液并收集沉淀復合物。
3. 將沉淀復合物懸浮在100μl TE緩沖液中。添加3-5μl 10% SDS和5μl 20mg/ml蛋白酶K。在65℃下孵育過夜。
4. 第二天，短暫渦旋混合，并使用磁力架將上清液轉移到新的管中。
5. 用100μl TE緩沖液 + 0.5M NaCl洗滌磁珠。將其與步驟4中的上清液結合。
DNA純化
您可以根據說明書用試劑盒提取DNA。
